Kokkolan Ykspihlajan satamalähetys on perustettu vuonna 1931. Sen ensimmäiseksi satamasaarnaajaksi kutsuttiin Oulusta U. Lindell. Hän johti satamalähetystä vuoteen 1934, jonka jälkeen toiminnasta vastasivat seurakunnan papit oman toimensa ohella.
Satamassa on todennäköisesti ollut jonkinlaista merimieskoti- tai lukusalitoimintaa aiemminkin, mutta sen työn ylläpitäjästä ei ole tarkkaa tietoa.
Suomen Merimieslähetysseuran (vuodesta 1994 Suomen Merimieskirkko) lukusali valmistui vuonna 1937 ja siinä toimittiin 60 vuotta. Talo peruskorjattiin kahdesti: 1950- ja 60-lukujen taitteessa sekä 1970-luvun alussa.
Talo lukusaleineen on purettu 2010-luvulla sataman laajentumisen tieltä. Nykyisiin toimitiloihin siirryttiin vuonna 1994.
Kokkolan merimieskirkon toiminnan 85-vuotisjuhlaa vietettiin Merisunnuntaina 18.9.2016.