Suomen Merimieskirkon syntysanat lausuttiin Suomen Lähetysseuran vuosijuhlassa 1874, ja keisarillinen senaatti hyväksyi yhdistyksen säännöt seuraavana vuonna. Nimi oli tuolloin Suomalaisten merimiesten ulkomaan satamissa sielunhoitoyhtiö.
Ensimmäinen suomalainen merimiespappi oli 25-vuotias Porvoon tuomiokapitulin apulainen Elis Bergroth, joka aloitti työnsä vuonna 1880 Grimsbyssä.
Merimieskirkon toiminta sai nopeasti ne muodot, jotka ovat yhä tänään samantapaiset. Jumalanpalvelusten lisäksi pidettiin hartaushetkiä lukusaleissa ja laivoilla. Käytiin laivoilla, vierailtiin sairaaloissa ja vankiloissa tapaamassa suomalaisia. Aloitettiin kahvilatoiminta ja järjestettiin saunomismahdollisuus. Toimipaikkoihin eli lukusaleihin perustettiin kirjasto, ja lehtiä sekä kirjoja toimitettiin laivoille.
Merimiesten lisäksi kaikkia näitä palveluja käyttivät myös siirtolaiset ja muut matkustavaiset. Työ on kehittynyt ja monipuolistunut kaikkia liikkeellä olevia ihmisiä palvelevaksi monitoimitaloksi.
Merenkulku alkoi muuttua 1960-luvulta lähtien. Tonnisto kasvoi, alukset olivat entistä suurempia, mutta suomalaisen miehistön koko vain pieneni. Uudet isot satamat perustettiin kauaksi kaupunkien keskustasta. Satamissa ja laivoilla toteutetut tekniset ratkaisut lyhensivät purkaus- ja lastausaikoja, joten laivojen miehistö ei enää ehtinyt merimieskirkoille vapaa-aikaansa kuluttamaan.
Samalla matkailu ja kansainvälinen kanssakäyminen lisääntyi, mikä toi merimieskirkoille uusia kävijäryhmiä. 1990-luvulla tilannetta muutti oleellisesti myös Suomen liittyminen Euroopan unioniin, jonka jälkeen toiminta alkoi myös ei-satamakaupungissa Brysselissä.
Yli 140-vuotisen historiansa aikana Merimieskirkko on avannut ulkomailla yhteensä 30 toimipaikkaa. Tällä hetkellä niistä 5 on toiminnassa. 1900-luvun alussa Merimieslähetyksen työ laajeni myös kotimaan satamiin, ja tällä hetkellä toimipaikkoja maassamme on 7. Suomen Merimieskirkon lisäksi maassamme toimii Saksan Merimieskirkko Porin Mäntyluodossa.
Merimieskirkkoja on paitsi avattu myös tilanteen niin vaatiessa suljettu. Ajan tasalla oleminen on toimivan ja joustavan Merimieskirkon elinehto.
