Suomen Merimieskirkko ry:n keskustoimisto sijaitsee Helsingin Herttoniemessä osoitteessa Hitsaajankatu 4. Keskustoimisto huolehtii taloudesta, hallinnosta ja viestinnästä. Keskustoimiston yhteystiedot löydät tästä linkistä.
Suomen Merimieskirkko ry on yhdistys, jonka äänivaltaisia jäseniä ovat henkilöjäsenet, jäsenyhdistykset ja seurakuntajäsenet.
Yhdistyksen korkeimmat päättävät elimet ovat vuosikokous ja vaalikokous. Vaalikokous valitsee yhdistyksen hallituksen.
Muita Merimieskirkon toimielimiä ovat työvaliokunta, talousvaliokunta, johtoryhmä, puheenjohtajisto ja kriisivalmiustyöryhmä.
Kunkin ulkomailla toimivan merimieskirkon yhteydessä toimii lisäksi neuvoa antava kirkkotoimikunta tai kirkkoraati.
Suomen Merimieskirkko ry:n hallitus -2021
Leena Grenat
Jaakko Heinimäki
Katarina Hildén
Mikko Jokela
Timo Lappalainen pj.
Tarja Larmasuo
Jarkko Nisula
Sami Ojala
Paula Raitis varapj.
Jukka Salo
Asta Turtiainen
Päivi Vähäkangas