Suomen Merimieskirkko ry:n korkeimmat päättävät elimet ovat vuosikokous ja vaalikokous.
Vuosikokous
Keväällä pidettävässä vuosikokouksessa (ks. §15) päätetään mm. tilinpäätöksen vahvistamisesta ja vastuuvapauden myöntämisestä, vahvistetaan toimintasuunnitelma ja talousarvio sekä vahvistetaan jäsenmaksujen suuruus.
Yhdistyksen vuosikokouksessa käsitellään sääntöjen 15 §:ssä määritetyt asiat:
1. kokouksen avaus;
2. valitaan kokouksen puheenjohtaja, sihteeri, kaksi pöytäkirjantarkastajaa ja tarvittaessa kaksi ääntenlaskijaa;
3. todetaan kokouksen laillisuus ja päätösvaltaisuus;
4. hyväksytään kokouksen työjärjestys; esitetään tilinpäätös, hallituksen toimintakertomus ja tilintarkastajien lausunto;
5. päätetään tilinpäätöksen vahvistamisesta ja vastuuvapauden myöntämisestä hallitukselle ja muille vastuuvelvollisille;
6. vahvistetaan toimintasuunnitelma ja talousarvio;
7. vahvistetaan jäsenmaksujen suuruus;
8. määrätään hallituksen jäsenten ja tilintarkastajien palkkiot;
9. päätetään vaalivaliokunnan koosta;
10. valitaan vaalivaliokunta;
11. käsitellään muut kokouskutsussa mainitut asiat.
Vaalikokous
Loppukesällä (yleensä Merimieskirkon kesäjuhlan yhteydessä) pidettävä vaalikokous (ks. §17) mm. valitsee yhdistyksen hallituksen.
Yhdistyksen vaalikouksessa käsitellään sääntöjen 17 §:ssä määritetyt asiat:
1. kokouksen avaus;
2. valitaan kokouksen puheenjohtaja, sihteeri, kaksi pöytäkirjantarkastajaa ja tarvittaessa kaksi ääntenlaskijaa;
3. todetaan kokouksen laillisuus ja päätösvaltaisuus;
4. hyväksytään kokouksen työjärjestys;
5. kuullaan hallituksen katsaus yhdistyksen toiminnasta ja taloudesta;
6. valitaan hallituksen jäsenet erovuoroisten tilalle;
7. valitaan yksi tai kaksi tilintarkastajaa ja heille varatilintarkastajat;
8. päätetään kunniajäsenten kutsumisesta;
9. käsitellään muut kokouskutsussa mainitut asiat.
Suomen Merimieskirkko ry:n rekisteröidyt säännöt.